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在欧阳修的一再称赞下，苏轼一时声名大噪。他每有新作，立刻就会传遍京师。当父子名动京师、正要大展身手时，突然传来苏轼苏辙的母亲病故的噩耗。二兄弟随父回乡奔丧。嘉祐四年十月守丧期满回京，嘉祐六年（1061年），苏轼应中制科考试，即通常所谓的“三年京察”，入第三等，为“百年第一”，授大理评事、签书凤翔府判官。四年后还朝判登闻鼓院。治平二年，苏洵病逝，苏轼、苏辙兄弟扶柩还乡，守孝三年。三年之后，苏轼还朝，震动朝野的王安石变法开始了。苏轼的许多师友，包括当初赏识他的恩师欧阳修在内，因反对新法与新任宰相王安石政见不合，被迫离京。朝野旧雨凋零，苏轼眼中所见，已不是他二十岁时所见的“平和世界”。
自请出京
熙宁四年（1071年）苏轼上书谈论新法的弊病。王安石很愤怒，让御史谢景在皇帝跟前说苏轼的过失。苏轼于是请求出京任职：熙宁四年至熙宁七年（1074年）被派往杭州任通判、熙宁七年秋调往密州（山东诸城）任知州、熙宁十年（1077年）四月至元丰二年（1079年）三月在徐州任知州、元丰二年四月调往湖州任知州。革新除弊，因法便民，颇有政绩。
乌台诗案
元丰二年（1079年），苏轼四十三岁，调任湖州知州。上任后，他即给皇上写了一封《湖州谢表》，这本是例行公事，但苏轼是诗人，笔端常带感情，即使官样文章，也忘不了加上点个人色彩，说自己“愚不适时，难以追陪新进”，“老不生事或能牧养小民”，这些话被新党抓了辫子，说他是“愚弄朝，妄自尊大”，说他“衔怨怀怒”，“指斥乘舆”，“包藏祸心”，讽刺政府，莽撞无礼，对皇帝不忠，如此大罪可谓死有余辜了。他们从苏轼的大量诗作中挑出他们认为隐含讥讽之意的句子，一时间，朝廷内一片倒苏之声。这年七月二十八日，苏轼上任才三个月，就被御史台的吏卒逮捕，解往京师，受牵连者达数十人。这就是北宋著名的“乌台诗案”（乌台，即御史台，因其上植柏树，终年栖息乌鸦，故称乌台）。
乌台诗案这一巨大打击成为他一生的转折点。新党们非要置苏轼于死地不可。救援活动也在朝野同时展开，不但与苏轼政见相同的许多元老纷纷上书，连一些变法派的有识之士也劝谏神宗不要杀苏轼。王安石当时退休金陵，也上书说：“安有圣世而杀才士乎？”在大家努力下，这场诗案就因王安石“一言而决”，苏轼得到从轻发落，贬为黄州（今湖北黄冈）团练副使，本州安置，受当地官员监视。苏轼坐牢103天，几次濒临被砍头的境地。幸亏北宋时期在太祖赵匡胤年间既定下不杀士大。